Autor : Anna Jackowska
2022-01-28 13:17
Naukowcy z Barcelony uruchomili wirtualną grę GENIGMA, która umożliwia graczom rozwiązywanie zagadek przy jednoczesnym generowaniu rzeczywistych danych naukowych, dzięki którym możliwe jest wykrywanie zmian w sekwencjach genomowych, a tym samym rozwijanie badań np. nad rakiem piersi.
Gra, dostępna od wczoraj (27 stycznia) na iOS i Androida w języku angielskim, hiszpańskim, katalońskim i włoskim, jest wynikiem trwającego dwa i pół roku obywatelskiego projektu naukowego opracowanego przez zespół naukowców z Centrum Regulacji Genomicznych (CRG), Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) oraz specjalistów od gier.
Gracze muszą rozwiązać zagadkę złożoną z szeregu klocków o różnych kolorach i kształtach. Każdy ciąg reprezentuje sekwencję genetyczną w linii komórek rakowych, a sposób, w jaki gracze organizują bloki, jest potencjalnym rozwiązaniem problemu lokalizacji genów. Należy przeorganizować bloki tak, aby uzyskać jak najwyższy wynik. Im wyższa liczba graczy i wysokie wyniki, tym większe prawdopodobieństwo, że badacze znaleźli prawidłową sekwencję dla tej konkretnej lokalizacji na mapie referencyjnej.
- Każdy, kto ma smartfon, z dowolnego miejsca na świecie może bezpłatnie pobrać GENIGMĘ i wnieść bezpośredni wkład w badania naukowe - mówi Elisabetta Broglio, koordynatorka ds. nauki obywatelskiej w CRG. Jak wyjaśnia, GENIGMA przeanalizuje rozwiązania dostarczane przez graczy jako zbiór, a nie jako jednostki, i wykorzysta kreatywne rozwiązania, których nie da się znaleźć za pomocą deterministycznych algorytmów.
Gra została stworzona, aby wesprzeć światowe wysiłki badawcze dotyczące linii komórek nowotworowych, które są kluczowym zasobem wykorzystywanym przez naukowców do badania raka i testowania nowych leków do leczenia tej choroby. Jednym z ograniczeń badawczych nad liniami komórek nowotworowych jest brak map referencyjnych genomu o wysokiej rozdzielczości, które są niezbędne, aby pomóc naukowcom w interpretacji ich wyników naukowych, na przykład w określaniu lokalizacji genów będących przedmiotem zainteresowania terapeutycznego lub potencjalnych miejsc mutacji.
- Dzięki liniom komórkowym mamy szczepionki, wiemy, jak stosować chemioterapię czy leczyć niepłodność. To czyni je filarem współczesnej biologii - wyjaśnia profesor Marc A. Marti-Renom, którego badania stanowią podstawę projektu GENIGMA. - Jednak brak map referencyjnych genomu ogranicza obecny postęp naukowy. To tak, jakby prosić ludzi, aby poruszali się po nowoczesnych miastach za pomocą map z przeszłości. Z pomocą innych osób możemy aktualizować te mapy, co pozwoli nam na szybkie postępy w badania nad rakiem piersi - dodaje.
Pierwsza mapa referencyjna genomu, którą naukowcy spróbują rozwiązać, dotyczy linii komórkowej raka piersi T-47D, jednego z najczęściej wykorzystywanych zasobów w badaniach nad rakiem. Zespół badawczy GENIGMA szacuje, że gdyby było 30 tysięcy graczy rozwiązujących średnio 50 gier, to każdy wygenerowałoby wystarczającą ilość danych, aby ujawnić mapę referencyjną 20 000 genów w tej linii komórkowej raka piersi.
Gra startuje dzisiaj z trzymiesięczną kampanią - #GenigmaChallenge. Co tydzień w poniedziałek, przez trzy miesiące zespół GENIGMA będzie wprowadzał nowe fragmenty genomu z linii komórkowej T-47D do ułożenia przez graczy. Pierwsze fragmenty genomu, które należy uporządkować, pochodzą z chromosomu 17, który zawiera dużą liczbę genów związanych z rakiem piersi. Obejmuje to także mutację BRCA1.
GENIGMA była rozwijana przez dwa i pół roku, angażując ponad 500 osób w 13 warsztatach. Gra została opracowana i przetestowana przez zróżnicowaną grupę osób z różnych środowisk, w tym naukowców, studentów, nauczycieli, artystów, lekarzy, bioetyków, dziennikarzy, przedstawicieli organizacji pacjentów, artystów i twórców gier. Naukowcy uruchomili GENIGMA, ponieważ uważają, że dane generowane przez graczy mogą być skuteczniejszą metodą aktualizacji map referencyjnych w porównaniu do korzystania z samej sztucznej inteligencji. „Inteligencja stada” graczy może również zapewnić kreatywne rozwiązania w sposób, którego sztuczna inteligencja może nie być w stanie.
Polecamy także:
Co o nowym projekcie ustawy antycovidowej sądzi MZ?
"Zdrowie w rozmowie" - pacjent partnerem dla lekarza?
Jakie są „Priorytety w obszarze neurologii” na 2022? - relacja